一、缺乏免疫力，抗体水平变化快
母猪初乳中乳蛋白含量高达7％，占干物质34％，而且主要是免疫球蛋白，正好新生仔猪肠壁通透性很好，可完整地吸收初乳中的免疫球蛋白，从而获得被动免疫。但在以后的3周内很快下降，而主动免疫要在4－5周才起作用。另外，断奶应激可降低循环抗体水平，抑制细胞免疫能力。因此，断奶仔猪的免疫力较低，容易拉痢和生病。必须给断奶仔猪提供很好的卫生条件，以保证仔猪很小的细菌感染。
二、肠道的影响
仔猪补充不同类型的饲料蛋白质对3周龄断奶仔猪小肠粘膜形态结构的影响，豆粕造成的损伤很严重，玉米一豆粕混合型次之，而乳蛋白很轻。断奶后仔猪持续摄入低能量是造成粘膜损伤的主要因素，除小肠绒毛长度变短外，小肠绒毛形态也发生很大变化，从断奶前一个浓密、手指状绒毛群变为一个平滑、舌头状绒毛面，小肠绒毛的这些变化会伴有肠管吸收木糖和丙氨酸能力的降低。因此，提供给早期断奶仔猪的日粮必须极易消化，而且对肠壁不产生抗原作用。
消化吸收受阻会导致小肠下段养分过剩，这可能会使栖居在肠道中的微生物发生显著变化，病原菌大量孽生繁殖为腹泻创造条件。新生仔猪肠道微生物主要来自于母猪阴道和粪便及环境中的微生物。仔猪断奶后，由于肠道粘膜被某些饲料成分或病毒损伤，大肠杆菌粘附和入侵受损上皮；哺乳期抵抗大肠杆菌粘附的母乳有益成分消失；断奶短期内，仔猪由于消化酶活性低而造成仔猪消化不良，没有被彻底消化的饲料为肠道大肠杆菌的增殖提供了充足的养分。这些原因可能会导致断奶后粪便中产肠毒素大肠杆菌和非产肠毒素大肠杆菌大量出现。
如果断奶时采食中断的营养应激能被克服，那么，从猪乳转为固体饲料也将有很少的创伤，仔猪的生长可能增加。因断奶后采食量增加可能对粘膜生长和功能具有潜在的刺激作用，这可能有助于维持小肠的完整性和通过加强或维持消化吸收能力而促进生长。